Không được đánh giá cao, lại thi đấu trên sân khách song Filip Nguyễn cùng đồng đội ở Slovan Liberec tạo nên cú sốc ở vòng sơ loại thứ 3 Europa League.
Ở vòng sơ loại thứ 2, đối thủ của Slovan Liberec chỉ là Riteiriai nhỏ bé. Và Filip Nguyễn cùng đồng đội dễ dàng đánh bại với tỷ số 5-1. Song, bước sang vòng loại thứ 3, những khó khăn được dự báo lớn hơn khi họ làm khách trên sân của FCSB. Đội bóng của Romania là gương mặt quen thuộc tại sân chơi này.
Họ từng đánh bại Chelsea, Ajax hay Lazio. Chuyến làm khách được dự báo lành ít dữ nhiều với đội bóng của CH Czech. Filip Nguyễn vẫn được tin tưởng trao niềm tin ở khung gỗ. Anh thể hiện là chốt chặn tin cậy của Slovan Liberec khi giúp đội nhà giữ vững mành lưới trước sức ép của đội chủ nhà.
Bất ngờ thay, phút 20, Cana của FCSB nhận thẻ đỏ. Thế trận dần thay đổi khi Slovan Liberec càng dễ đá. Họ tận dụng cơ hội để ghi hai bàn thắng với các pha lập công của Yusuf Helal và Rabusic. Giành chiến thắng 2-0, Slovan Liberec tạo nên cú sốc ở vòng sơ loại thứ 3 Europa League. Bản thân Filip Nguyễn cũng tạo nên cơn địa chấn ở đấu trường này khi mới lần đầu tham dự song anh giúp đội nhà vào đến vòng play-off.
Đối thủ ở vòng play-off của Slovan Liberec là APOEL của đảo Síp. Filip Nguyễn cùng đồng đội được thi đấu trên sân nhà song APOEL là thách thức đáng gờm. Đội bóng này từng góp mặt ở vòng bảng UEFA Champions League.
Cũng ở vòng sơ loại thứ 3 Europa League, đội bóng thuộc sở hữu của ông chủ người Việt, Sarajevo đánh bại Buducnost với tỷ số 2-1 để chạm trán Celtic tại vòng play-off.
